Rask diagnostikk for Salmonid alphavirus 2 og 3 i atlantisk laks.

Abstract

Laks er en viktig eksportvare for Norge i tillegg til at den selges i store mengder innad i landet. Laksesykdommer som Infeksiøs lakseanemi (ILA) og Salmonid alphavirus (SAV), som fører til pankreassykdom (PD), fører til at store mengder fisk slaktes hvert år og fører til store tap. Dersom testing for disse sykdommene blir lettere tilgjengelig og lettere å gjennomføre, kan testing fungere som et forebyggende tiltak for å redusere antall fisk som må slaktes. Fiskehelse og raskere diagnostikk er en viktig del av å øke matproduksjonen i verden etter hvert som befolkningen øker. Dette kan i stor grad redusere økonomiske tap og føre til mer vekst. Å redusere slaktingen er også bra for dyrevelferden og miljøet. I dette prosjektet ble et RT-qPCR-sett fra GeneMe brukt for å påvise SAV2 og SAV3 i atlantisk laks. Målet med prosjektet var å optimalisere dette settet for valideringsformål for kommersiell testing av NordicDx. Infiserte laksehjerter ble testet etter å ha blitt lagret under ulike forhold, resultatene indikerer at GeneMe-settet detekterer SAV2 og SAV3 (QnsP1-genet) i tillegg til en internkontroll, Elongation factor 1α (EF1AA) gen. Flere prøver var positive etter å ha blitt lagret i homogeniseringsbuffer over noen timer, og resultatene var lettere å tolke etter bruk av TissueLyser for homogenisering av fiskevevet og sprøytefiltrering av for fjerning av inhibitorer. Resultatene indikerer at protokollen kan trenge ytterligere optimalisering og kan dra nytte av disse resultatene.

Salmon is an important export product for Norway in addition to being sold in large quantities within the country. Salmon diseases such as infectious salmon anemia (ISA) and salmonid alphavirus (SAV), that leads to pancreas disease (PD), cause large quantities of fish to be slaughtered every year and lead to large losses. If testing for these diseases becomes easier to access and easier to carry out, testing can act as a preventive measure to reduce the number of fish that must be slaughtered. Fish health and faster diagnostics are an important part of increasing food production in the world as the population increases. This can greatly reduce financial losses and lead to more growth. Reducing slaughter is also good for animal welfare and the environment. In this project, an RT-qPCR kit form GeneMe was used to detect SAV2 and SAV3 in Atlantic salmon. The aim of the project was to optimize this kit for validation purposes for commercial testing by NordicDx. Infected salmon hearts were tested after being stored in various conditions, the results indicates that the GeneMe kit detects SAV2 and SAV3 (QnsP1 gene) in addition to an internal control, Elongation factor 1α (EF1AA) gene. More samples were positive after being stored in homogenization buffer over some hours, and the results were easier to interpret after using a TissueLyser for homogenization of the fish tissue and syringe filtration of the for removal of inhibitors. The results indicates that the protocol could need further optimalization and could benefit from these results.