Inflammatorisk tarmsykdom og vurdering av tarmmikrobiota.

Abstract

Inflammatorisk tarmsykdom (IBD) er en utbredt sykdom, spesielt i den vestlige verden. IBD klassifiseres normalt under to sykdommer; ulcerøs kolitt (UC) og Crohns sykdom (CD). Årsaken til IBD er ennå ikke kjent, men det er mange vitenskapelige studier som peker i retning av dysbiose i tarmene til den syke pasienten.

Denne oppgaven er en del av et samarbeid mellom Universitetet i Stavanger og Stavanger Universitetssykehus. Prosjektet har som mål å analysere avføringsprøver fra pasienter med IBD. Metodene som brukes er DNA-ekstraksjon, 16S PCR-amplifikasjon, gelelektroforese og Illumina-sekvensering. DNA-ekstraksjonen ga DNA av god kvalitet i 18 (67 %) av 27 prøver. 7 (26 %) av 27 prøver hadde ikke DNA av god kvalitet i henhold til absorbansforhold, A260/A280 og A260/A230. Sekvenseringsresultatene viste et flertall av de vanligste bakteriene i menneskets tarm, fylaene Firmicutes og Bacteroidetes. 5 (16 %) av 32 prøver bestod nesten utelukkende av disse to gruppene.

Dette prosjektet var et lite prosjekt som inneholdt et lite antall prøver. Resultatene er ikke statistisk pålitelige, men gir en indikasjon på hva vi kan finne i en syk tarm. Videre arbeid vil være å samle inn et stort antall prøver og fortsette med disse metodene for å vurdere bakteriell DNA. Dessuten kan bruken av long-read sekvensering åpne muligheten for en dag å finne kuren for IBD.

Inflammatory bowel disease (IBD) is a widespread disease, especially in the Western world. IBD is normally classified under two conditions; ulcerative colitis (UC) and Crohn´s disease (CD). The cause of IBD is not yet known, but there are many scientific studies that point in the direction of dysbiosis in the intestines of the diseased patient.

This thesis is part of a collaboration between the University of Stavanger and Stavanger University Hospital. The project aims to analyze stool samples, from patients diseased with IBD. The methods used are DNA extraction, 16S PCR amplification, gel electrophoresis, and Illumina sequencing. The DNA extraction yielded good-quality DNA in 18 (67%) of 27 samples. 7 (26%) of 27 samples did not have good-quality DNA according to the absorbance ratios, A260/A280 and A260/A230. The sequencing results showed a majority of the most common bacteria in the human gut, the phyla Firmicutes and Bacteroidetes. 5 (16%) of 32 samples consisted almost entirely of these two groups.

Lastly, this project was a small project containing a small number of samples. The results are not statistically reliable but give an indication of what we might find in a diseased gut. Further work would be to collect a large number of samples and proceed with these methods for assessing the bacterial DNA. Also, the use of long-read sequencing could open the possibility of one day finding the cure for IBD.